認証業務を行うことを農林水産大臣に登録・認可された登録認証機関は、生産農家や加工場（生産行程管理者）などの申請者が認証の技術的基準に適合しているかどうかの検査および判定を行い認証します。
認証を受けた事業者は、自らの責任で生産した農産物や製造（加工）した食品などをJAS規格に基づいて検査し、これに適合していると判断（格付）したものについて有機JASマークを付し、「有機」「オーガニック」などの表示をすることができます。
また、認証を受けた事業者は、認証された後も定期的に登録認証機関によるチェック（調査）を受けることになっています。
