自然農法は、化学肥料や農薬全盛の時代にあっても、創始者の理念に共鳴する人々によって実践され、 受け継がれてきました。そして今日、食品の安全性を求める声が高まり、 農薬と化学肥料が及ぼす環境破壊への危機感が広く社会で認識されるようになり、 自然農法の果たす役割が高く評価されることとなりました。
昭和60年（1985）11月13日、農林水産省から財団法人として認可され、自然環境の保全や農業・農村の振興、安全かつ良質な農産物の供給など、社会における健康的な食生活の定着促進のため、自然農法の研究開発と国内外への普及及び有機農業支援に取り組んでまいりました。
その後公益法人法施行に伴い、平成24年（2012）4月1日に内閣府より公益財団法人として認可され、新しいスタートを切りました。
自然農法センターは、食料の安全性の確保、生産の省エネルギー化・低コスト化、資源の有効利用及び農山村の活性化の観点に立って、地域の実情に応じて自然の生態系を利用した持続可能な生産技術体系（以下「自然農法」という｡）の研究開発とその国内外における普及を図ることにより、自然環境の保全、農業・農村の振興ならびに安全かつ良質な農産物の供給に資することによって、社会における健康的な食生活の一層の定着促進に寄与することを目的としています。
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